Приказом Министерства Российской Федерации по антимонопольной политике и поддержке предпринимательства от 09.04.2004 № 4-ЛК «О передаче территориальных управлений МАП России в ведение Федеральной антимонопольной службы» во исполнение Указа Президента Российской Федерации от 09.03.2004 № 314 «О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти», распоряжения Правительства Российской Федерации от 18.03.2004 № 379-р и постановления Правительства Российской Федерации от 07.04.2004 № 189 «Вопросы Федеральной антимонопольной службы» в ведение ФАС России переданы территориальные управления МАП России.

Приказом ФАС России от 18.05.2004 № 12 в ведение ФАС России приняты 75 территориальных управлений МАП России.

Отличия от сегодняшней схемы размещения:

• Управление Федеральной антимонопольной службы по г. Москве и Московской области (Московское УФАС России);
• Управление Федеральной антимонопольной службы по г. Санкт-Петербургу и Ленинградской области (Санкт-Перетбургское УФАС России);
• Архангельское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Архангельской области и Ненецкого автономного округа;
• Волгоградское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Волгоградской области и Республики Калмыкия;
• Дагестанское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Республики Дагестан и Республики Ингушетия;
• Чеченское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории на территории Чеченской Республики;
• Пермское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Пермской области и Коми-Пермяцкого автономного округа;
• Иркутское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Иркутской области и Усть-Ордынского Бурятского автономного округа;
• Красноярское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Красноярского края, Республики Тыва, Эвенкийского автономного округа и Таймырского (Долгано-Ненецкого) автономного округа;
• Читинское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Читинской области и Агинского бурятского автономного округа;
• Хабаровское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Хабаровского края и Еврейской автономной области;
• Камчатское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Камчатской области и Корякского автономного округа;
• Магаданское УФАС России осуществляло свою деятельность на территории Магаданской области и Чукотского автономного округа.

Приказом ФАС России от 25.01.2006 № 20 было ликвидировано Управление Федеральной антимонопольной службы по Чеченской Республике.

Приказом ФАС России от 13.02.2008 № 47 в связи с образованием нового субъекта Российской Федерации Читинское УФАС России было переименовано в Управление Федеральной антимонопольной службы по Забайкальскому краю.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 28 марта 2008 г. № 406-р была утверждена схема размещения территориальных органов ФАС России в количестве 82-х территориальных органов. В соответствии с указанным распоряжением количество территориальных органов увеличилось на 8 управлений – были образованы Еврейское, Калмыцкое, Ленинградское, Московское областное, Ненецкое, Тывинское, Чечено-Ингушское и Чукотское УФАС России.

Распоряжением Правительства Российской Федерации от 14 сентября 2012 г. № 1694-р были внесены изменения в схему размещения территориальных органов ФАС России. В соответствии с указанным распоряжением количество территориальных органов увеличилось на 1 управление и составило 83 территориальных органа - Чечено-Ингушское УФАС России было переименовано в Ингушское УФАС России и образовано Чеченское УФАС России.

В 2014 году создано Управление Федеральной антимонопольной службы по Республике Крым и городу Севастополю

В настоящее время в структуру ФАС России входят 84 территориальных органа, которые осуществляют свою деятельность на территории 85 субъектов Российской Федерации в соответствии с Положением о территориальном органе Федеральной антимонопольной службы (приказ ФАС России от 26.01.2011 № 30).